وشغل عبد الكريم الزبيدي منصب أستاذ مساعد بصفة أجنبي بكلية الطب "غرانش بلانش" بليون وذلك من سنة 1976 إلى سنة 1978، فأستاذ مساعد استشفائي جامعي بكلية الطب بسوسة من سنة 1978 إلى سنة 1981، ثم منسق لتكوين الفنيين السامين للصحة من سنة 1981 إلى سنة 1988 بنفس الكلية قبل أن يصبح أستاذا استشفائيا جامعيا محاضرا من سنة 1982 الى سنة 1986 قبل أن يشغل خطة رئيس قسم العلوم الأساسية من سنة 1982 إلى سنة 1989 في ذات المؤسسة الجامعية.

---

---

كما عمل كأستاذ استشفائي جامعي بكلية الطب بسوسة منذ سنة 1987 فرئيس قسم الاستكشاف الوظيفي بمستشفى "فرحات حشاد" بسوسة من 1990 إلى سنة 1999، قبل أن يكلف بمهمة في بعثات خبراء لدى الوكالة الدولية للطاقة الذرية التابعة للأمم المتحدة منذ 1992 في مجال "التطبيقات الطبية للطاقة الذرية" بعديد البلدان.

وأصبح عبد الكريم الزبيدي إثر ذلك رئيسا لقسم الفيزيولوجيا والإستكشافات الفيزيولوجية بوزارة الصحة العمومية ثم رئيسا لجامعة الوسط من سنة 1995 إلى سنة 1999 قبل أن يشغل منصب كاتب دولة لدى الوزير الأول مكلفا بالبحث العلمي والتكنولوجيا من سنة 1999 إلى سنة 2000 فوزيرا للصحة سنة 2001 ووزيرا للبحث العلمي والتكنولوجيا سنة 2002 ليشغل من سنة 2005 إلى سنة 2008 خطة عميد لكلية الطب بسوسة.
وكان عبد الكريم الزبيدي عين وزيرا للدفاع الوطني في حكومة الوحدة الوطنية المؤقتة من 27 جانفي 2011 إلى 13 مارس 2013.